Annoncée dans Nature, l’initiative ERGA (European Reference Genome Atlas) est une réponse scientifique paneuropéenne aux menaces actuelles qui pèsent sur la biodiversité. Le consortium de chercheurs dont font partie les chercheurs de l’UNamur de l’équipe d’Alice Dennis, œuvre à la coordination de la production d’une banque de données de génomes de référence pour mieux comprendre et préserver la biodiversité européenne.
Le génome, c’est l’ensemble des chromosomes et des gènes d’une espèce ou d’un individu. Les génomes de référence fournissent l'aperçu le plus complet de la base génétique qui forme chaque espèce et représentent une ressource puissante pour comprendre le fonctionnement de la biodiversité.
Nous nous concentrons sur le développement de génomes de haute qualité parce qu'ils sont inestimables pour faire des comparaisons entre les populations et les espèces, ce qui conduit directement à une meilleure surveillance de la biodiversité.
Alice Dennis, professeure de biologie à l’UNamur et membre de l’Institut ILEE
ERGA, le génome sous la loupe
La mission de la communauté ERGA est guidée par des principes fondamentaux selon les principes « FAIR and CARE » (*) :
- Excellence scientifique
- Expertise
- Infrastructure distribuées
- Représentation équilibrée sur le plan taxonomique, géographique et des habitats
- Pratiques inclusives et socialement diverses
- Génération et de la publication des données
- Priorisation des espèces nécessitant une attention urgente.
(*) Les principes CARE complètent les principes FAIR existants, qui exigent que les données soient trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables. Alors que les principes FAIR visent à faciliter le partage et la réutilisation des données, les principes CARE garantissent une utilisation éthique des données.
ERGA est soutenu par Horizon Europe dans le cadre du programme Biodiversité, économie circulaire et environnement (REA.B.3, BGE 101059492).
ERGA est la branche européenne du Earth Biogenome Project (EBP). Ce projet vise à séquencer, cataloguer et caractériser les génomes de l'ensemble de la biodiversité eucaryote de la Terre sur une période de dix ans.
Il s'agit d'un défi pour de nombreux organismes, en raison de la nature complexe de certains génomes. Nous nous efforçons de fournir des normes et des protocoles pour chaque étape du processus :
- l'accès aux permis de collecte et aux autorisations
- le transport des échantillons
- les méthodes d'extraction de l'ADN
- les stratégies de séquençage et d'assemblage
- l'annotation et les analyses en aval
- le partage des données et l’équité
« En tant que Présidente du comité d'annotation, je me concentre principalement sur cette étape. L'annotation est très importante car elle permet d'identifier les différentes parties fonctionnelles d'un génome : quel partie produit des protéines, quels sont les éléments répétitifs... Sans l’annotation, un génome n'est qu'un tas de lettres ! », explique Alice Dennis.
« ERGA est financé par Horizon Europe depuis près d'un an, mais nous avons lancé un projet pilote auparavant. Dans le cadre de ce projet pilote, des chercheurs de 34 pays européens ont collaboré pour produire 98 nouveaux génomes de référence. C'était vraiment un effort impressionnant ! J'ai surtout aidé à coordonner les types de données à produire, en particulier les données d'expression génétique pour l'annotation, et j'ai produit des pipelines d'annotation recommandés. La publication de ce projet sera soumise bientôt. »
ILEE, un institut pour anticiper les défis environnementaux
ILEE (Institute of Life, Earth and Environment) rassemble des chercheurs qui ont un large éventail de compétences en sciences fondamentales et appliquées, permettant une contribution significative à la compréhension de l'évolution de la vie et des défis environnementaux actuels et futurs, ainsi qu'à l'amélioration de la qualité de vie, et la recherche de solutions durables, d'un point de vue écologique, technologique, socio-économique et historique/culturel.
Au sein du pôle « Evolution adaptation et biodiversité », l’équipe d’Alice Dennis effectue un travail comparatif pour identifier la biodiversité cachée, identifier la perte de diversité et les populations les plus menacées d'extinction, et comprendre la base génomique de l'adaptation à l'environnement.
Son laboratoire étudie comment les animaux sauvages (principalement les petits invertébrés comme les escargots et les insectes) évoluent pour s'adapter aux nouvelles températures. Il intègre plusieurs domaines de recherche, notamment la physiologie, les études de terrain et la génétique.
Alice Dennis participe à ERGA depuis janvier 2021. Elle utilise aussi le réseau pour atteindre et impliquer les personnes travaillant sur les mollusques. Pour faciliter l’échange de données, elle siège au comité d'annotation de l'EBP, qui vient publier de la première série de lignes directrices, qui seront reproduites à l’ERGA. Elle coordonne également des sessions de formation, principalement en ligne.
Activités à venir
En novembre, l'équipe annotation participera à un BioHackathon à Barcelone, organisé par Elixir, une infrastructure européenne pour les sciences de la vie, qui rassemble des scientifiques de 23 pays et plus de 250 instituts de recherche. Elle permet aux chercheurs d'accéder aux données des sciences de la vie et de les analyser, afin d'améliorer la valeur et l'impact de la recherche en sciences de la vie sur la santé publique, l'environnement et l'économie. Les chercheurs sont ravis de participer à ce hackathon. Ils espèrent ensuite produire une publication et un ensemble "conteneurisé" de programmes informatiques qui aideront à rationaliser les projets d'annotation.
Alice Dennis organisera un workshop EMBO en mai 2024.
Plus d'infos sur le site internet du workshop EMBO bientôt
ERGA est également un projet participatif. Les citoyens peuvent même suggérer des espèces à séquencer. Le deuxième appel est lancé et se clôturera le 1er octobre 2023.
Pour vos propositions, c'est ici !